Habre a katonai hatolom átvétel után Szenegálba menekült, azóta is ott él. Elnöksége idején kegyetlenkedéseiről vált ismertté, jobban mondva hírhedté. Több esetben is súlyosan megsértette az emberi jogokat. Etnikai tisztogatásokat is elrendelt a Sarák, a Hadjeraiák és a Zanhawák ellen, akik közül sokakat lemészároltak, főként a vezetőiket, akik veszélyt jelentettek Habre uralmára. Az elnök első intézkedései között szerepelt a csádi titkosrendőrség megszervezése, amely hatalmának egyik tartópillérévé vált. A titkosszolgálatok Habre idején nem kímélték az ellenzékieket, akiket megkínoztak és kivégeztek. Túlélők elmondták, hogy Habre titkosrendőrsége brutális kegyetlenséggel végezte a munkáját. A foglyokat gyakran izzó tárgyakkal kínozták, mindennaposnak számított, hogy könnygázt fújtak a vallatottak szemébe, orrába és szájába. A legszörnyűbb, feljegyzett tettük az volt, hogy az áldozatok szájába kipufogógázt vezettek, így végeztek velük. A becslések szerint Habre nyolcéves elnöksége idején csaknem 40 ezer csádi halt meg. A nemzetközi civil szervezetek egyszerűen csak az afrikai „Pinochet”-ként szokták emlegetni Habrét.