A hadsereg a puccsot követően feloszlatta az addig működő hatalmi intézményeket és közölte: „Nemzeti Átmeneti Kormányt” hoz létre az ellenzék bevonásával. Az ellenzéknek azonban a jelek szerint ez a forgatókönyv nem felel meg. Öt ellenzéki elnökjelölt összefogott és közös nyilatkozatában elítélte a hatalomátvételt, valamint visszautasította a felkínált kormányzati szerepvállalást. Kumba Yala volt elnök, jelenlegi, -ha minden igaz, elnökjelölt- pedig felszólította a juntát, hogy mielőbb állítsa vissza az alkotmányos rendet az országban. A junta erre azt „üzente: ura a helyzetnek és arra kérte a lakosságot, hogy ne essen pánikba.
Kelet-Timor leköszönő elnöke vállalta, hogy közvetít a pártok és a puccsisták között. A Nobel-békedíjas politikus a tervek szerint a hétvégén érkezik Bissau-Guineába. Közben Portugália és Brazília felszólította az ENSZ BT-t, hogy vegye napirendre Bissau-Guinea ügyét. A Nyugat-Afrikai Gazdasági Közösség (ECOWAS) pedig 15 fős küldöttséget küldött az országba, hogy megoldást találjanak a válságra. A küldöttséget Kadre Desire Ouedraogo, az ECOWAS Bizottságának elnöke vezeti.
A katonai hatalomátvétel miatt egyre többen hagyják el a fővárost. A legnagyobb szakszervezetek pedig országos sztrájkra szólítottak fel tagjaikat. A fővárosban a bankok és az irodák többsége zárva van, csak a kisebb üzletek tartanak nyitva. A légi, szárazföldi és tengeri határokat a junta határozatlan időre lezárta.