Bissau-Guineában a puccsisták április 12-én ragadták magukhoz a hatalmat. Ezt azzal indokolták, hogy Carlos Gomez Junior miniszterelnök titkos paktumot kötött Angolával, amelynek célja az volt, hogy „megsemmisítsék” a bissaui hadsereget és likvidálják a vezérkart. A katonák a puccs után Carlos Gomes Junior miniszterelnököt és Raimundo Pereira átmeneti elnököt letartóztatták, de később szabadon engedték és Elefántcsontpartra szállították őket. A puccsot egyébként közvetlenül az elnökválasztás mindent eldöntő második fordulója előtt hajtották végre az országban. A választás legnagyobb esélyese éppen Carlos Gomes Junior volt. Az előrehozott elnökválasztásra azért volt szükség, mert a sokak által nagyra becsült Sanha elnök súlyos betegségben meghalt. Carlos Gomes Junior, amellett, hogy a kormányt vezette, Sanha elnök szövetségese is volt. Gomes régóta azt tervezte, hogy reformokat hajt végre a hadseregben, hogy csökkentse a katonák politikai befolyását, de ez a vezérkarnak nem tetszett. És ebben nem csak a politika játszott szerepet, bár Bissau-Guineában gyakoriak a véres hatalmi harcok és a puccsok. A hadsereg felső vezetése egyes hírek szerint azért nézte rossz szemmel a miniszterelnök reformtörekvéseit, mert féltette a latin-amerikai kábítószer bárókkal kiépített kapcsolatait. A Dél-Amerikából érkező kokain szállítmányokat Bissau-Guineában pakolják át az Európába tartó hajókra. A tábornokok pedig tartják a markukat és cserébe tartják a szájukat is.