74 évesen, rákban halt meg a veterán, kalandos életű politikus. Amikor a szegfűk forradalma után széthullott a portugál gyarmatbirodalom, 1975-ben Kelet-Timor is függetlenné vált. A hatalom az addigi függetlenségi harcot vezető FRETILIN nevű párt kezébe került és e mozgalom jelöltjeként lett do Amaral államfő. De a szomszédos Indonézia attól tartott, hogy a baloldali FRETILIN-en keresztül az akkori fő ellenség, Kína befolyása érvényesülhet Kelet-Timorban. Ezért az indonéz hadsereg lerohanta és annektálta szomszédját. Do Amaral illegalitásba vonult, később indonéz fogságba került, közben korábbi harcostársaival is nézeteltérésbe keveredett. Akkor térhetett haza, amikor a nagy indonéziai politikai változások, a Suharto rendszer összeomlása után, a nemzetközi közösség bábáskodása mellett ismét kikiáltották Kelet-Timor függetlenségét. Ezután Francisco Xavier do Amaral megbékélt korábbi harcostársaival, de már csak szimbolikus politikai szerepet vállalt március hatodikán bekövetkezett haláláig. (RFI)