Az úgynevezett „Átmeneti Alkotmányt” a függetlenné válással egy időben fogják ratifikálni Dél-Szudánban. Az ellenzéki pártokat viszont kihagyják a döntéshozatalból, amire az volt a válasz, hogy az ellenzékiek árulással vádolták az országrész kormányát. Az ellenzék több pontot is kifogásolt, elsősorban azt, hogy a kormány megszegte korábbi ígéretét, nem csak módosította, hanem gyakorlatilag teljesen átírta a 2005-ös békeegyezmény megkötése után elfogadott, ideiglenes alkotmányt. Abban még az szerepelt, hogy az elnököt öt évre, maximum kétszer választhatják meg. Az új alaptörvényben viszont a mandátumot lecsökkentették 4 évre. Viszont arról nem rendelkezik, hogy hányszor indulhat az elnök a választásokon.
A dél-szudáni lázadó csoportok szóvivője elmondta, hogy a kormány csak a saját érdekeit veszi figyelembe, mellőzve a kisebbségi törzsek és a vidéki közösségek akaratát. Az ellenzék és a civil közösségek nem kezdeményezhettek változtatásokat az alkotmány előkészítésekor.
A januári, a függetlenségről tartott népszavazással párhuzamosan a két országrész határán fekvő Abyei régióban egy külön választást kellett volna tartani a terület hovatartozásáról. Viszont ez nem történt meg. Az új alaptörvényben a dél-szudáni kormány az olajban gazdag terület csatlakozását követeli. A szakértők szerint a területvita akár egy újabb polgárháborúhoz is vezethet, hiszen mind a khartúmi, mind a dzsubai vezetés igényt tart Abyeire. Műholdfelvételek bizonyítják, hogy mindkét fél fegyverkezésbe kezdett.