Sanogo tábornokot nem rég helyezték át a fővárostól 150 km-re található Selinguébe. A tábornok ez után kezdett éhségsztrájkba, hogy így fejezze ki tiltakozását. Sanogo ügyvédje elmondta, hogy a tábornok az áthelyezése óta nem tudja tartani a kapcsolatot jogi tanácsadóival és családjával, amit nehezen visel. A védence emellett nem részesül állandó egészségügy ellátásban, ezért az élete is veszélybe kerülhet – mondta az ügyvéd. Egyesek szerint viszont a tábornok az éhségsztrájkkal kívánja elérni, hogy szabadlábra helyezzék. Januárban ugyanis a mali hatóságok harminckét katonát engedtek ki a börtönből, miután éhségsztrájkba kezdetek a rossz börtönkörülmények és az ellátás miatt. A katonák egytől-egyik Sanogo emberei voltak, akiket ugyanazzal vádoltak, mint a tábornokot.
Amadou Sanogot még 2013 novemberében tartóztatták le. A tábornokot azzal vádolják, hogy köze volt több tucat ejtőernyős katona rejtélyes eltűnéséhez, akik a megbuktatott Amadou Toumani Toure elnök személyes testőrségéhez tartoztak. A mali hatóság nem rég tárt fel egy tömegsírt a kati katonai támaszpont mellett, amely a 2012-es puccs idején Sanogo és társai főhadiszállásául szolgált. Összesen harminc katona holttestét exhumálták. A kormány szerint Sanogo adott utasítást a katonák megölésére. Politikai elemzők viszont felhívták a figyelmet arra, hogy a jelenlegi vezetés elsősorban azért tartja fogva a tábornokot, hogy csökkentse a hadsereg politikai befolyását és megszabaduljanak azoktól a tisztektől, akik veszélyt jelenthetnek a kormány működésére.
A 2012. március 22-i puccs előtt Sanogo egy ismeretlen katonatiszt volt kapitányi rangban, aki azzal indokolta Toure elnök elmozdítását a hatalomból, hogy nem képes megfelelően kezelni az akkor kirobbant Tuareg felkelést. Sanogo akciója viszont komoly nemzetközi felháborodást váltott ki, mivel a puccsal gyakorlatilag teljes káoszba sodorta az országot. A puccs után ráadásul a tuareg lázadóknak sikerült ellenállás nélkül elfoglalniuk az ország északi részét és közel álltak ahhoz, hogy a fővárost is bevegyék. Sanogo végül nemzetközi nyomásra, 2012. április 12-én távozott és átadta a hatalmat Doncounda Traorénak. Sanogo viszont továbbra is komoly befolyással rendelkezett és többször is azt hangoztatta, hogy kész visszavenni a hatalmat.