Az Amnesty International legutóbbi jelentésében arról számolt be, hogy a katonai törvényszék körülbelül 12 ezer civilt ítélt el, miután Mubarak távozott a hatalomból. 13 személy ítéltek halálra. Az Amnesty szerint a bírósági eljárások többsége nem felelt meg a jogállami követelményeknek. A tüntetők jelentős részét a kijárási tilalom megszegése, közvagyon rongálása vagy a katonai vezetés sértegetése miatt csukták le és ítélték el a katonai törvényszéken. A kínzások pedig továbbra is gyakoriak a börtönökben. A szervezet jelentése arra is kitér, hogy a biztonsági erők „verőlegényeket” alkalmaznak a tüntetők megfélemlítésére. Az Amnesty szerint a katonai vezetés tovább folytatja azt az elnyomó politikát, ami ellen január 25-én fellázadt a nép. A katonai vezetés pedig könyörtelenül lecsukja és meghurcolja azokat a személyeket, akik hangosan és nyíltan kritizálni merészelik a Legfelsőbb Katonai Tanácsot. Főleg tüntetőket, újságírókat, internetes bloggereket és sztrájkoló munkásokat próbált elhallgattatni a rezsim. Az Amnesty szerint a katonai vezetés nagyon kevés ígéretét váltotta be, miután átvette az ország irányítást.