A szavazatszámlálás folyamatban van és fokozott biztonsági intézkedéseket is bevezettek, miután merénylet áldozata lett a katonai hírszerzés korábbi főnöke. A volt katonatisztet egy étterem teraszán lőtték le ismeretlen tettesek, akik állítólag katona egyenruhát viseltek. Az ENSZ a gyilkosság után nyugalomra szólította fel a lakosságot.
Öt ellenzéki elnökjelölt a szavazás után egybehangzóan kijelentette, hogy súlyos rendellenességek kísérték az első fordulót, ezért az eredmény (a még hivatalosan nem közölt eredmény) megsemmisítését követelik. A nemzetközi megfigyelők korábban még arról számoltak be, hogy a voksolás átlátható és igazságos volt. Az ellenzék szerint a megfigyelőknek tévednek. Kumba Yala volt bissau-guineai elnök a leghangosabb tiltakozó, szerinte meg kell ismételni a voksolást. Yala arra figyelmeztetett, hogy beláthatatlan következményei lehetnek az eredményhirdetésének, ha követelése nem teljesül.
A nem hivatalos részeredmények szerint a 62 éves Carlos Gomes Junior áll az első helyen. Kumba Yala a második, Mauel Serifo a harmadik, míg Henrique Rosa a negyedik. Abban az esetben, ha egyik jelöltnek sem sikerül többséget szereznie, akkor a második forduló dönt.