A tábornok alatt szolgáló egyik tiszt, Mohamed Aguri elmondta, hogy jelen volt, amikor a Február 17. Forradalom Mártírjainak Brigádja nevű csoportnak – a lázadók félhivatalos belbiztonsági erejének – a harcosai szerda hajnalban letartóztatták és elvitték felettesét a hadműveleti szobából a Bengázitól 150 kilométerre délre fekvő Zuejtina városban.
A líbiai lázadók hivatalos biztonsági szolgálatának egyik névtelenül nyilatkozó tisztje arról számolt be, hogy az Átmeneti Nemzeti Tanács rendelte el a tábornok elfogását, miután felmerült a gyanú, hogy Junusz kapcsolatban áll Moammer Kadhafi líbiai vezetővel. Azt sugallta azonban, hogy a gyilkosságra nem adott felhatalmazást a tanács, az egy bosszúból végrehajtott akció volt.
Junuszt egy Bengázi térségében fekvő katonai létesítménybe vitték, ahonnan csütörtökön a védelmi minisztériumba szállították volna kihallgatásra. A biztonsági kíséret egyik autójából azonban tüzet Nem kizárt, hogy a tábornokot bosszúból ölték meg. A líbiai lázadók táborán belül mély szakadék húzódik a Kadhafitól elpártolók és a Kadhafi-rendszerrel soha együtt nem működők között.
Abdel-Fattah Junusz évtizedekig állt Kadhafi szolgálatában. Belügyminiszterként februárban pártolt el tőle és állt át a lázadók oldalára, ami olyan reményeket ébresztett a Nyugatban, hogy a növekvő és erősödő ellenzék távozásra tudja kényszeríteni Moammer Kadhafit. A lázadók vegyes érzelmekkel viseltettek Júnisz iránt: egyesek dicsérték az átállásért, mások viszont gyanakvással fogadták, mint Kadhafi régi szövetségesét.
A líbiai kormány az al-Kaida nemzetközi terrorhálózatot vádolja a felkelők katonai vezetőjének megölésével. „Ezzel a tettel az al-Kaida meg akarta mutatni, hogy jelen van a (lázadók ellenőrizte keleti országrészben), és befolyása van rá. Az Átmeneti Nemzeti Tanács (ÁNT) többi tagja tudta, hogy mi készül, de nem voltak képesek közbelépni, mert rettegésben tartja őket az al-Kaida. Junusz tábornok meggyilkolása egy újabb bizonyítéka annak, hogy az ÁNT-nek nincs semmilyen hatalma Bengáziban. Az al-Kaidának van hatalma keleten” – jelentette ki Músza Ibrahim kormányszóvivő péntek esti tripoli sajtóértekezletén.